A história da Igreja no Japão conheceu dois grandes períodos de perseguições. O primeiro começou em 1596, o segundo, em 1614. Muitos missionários, catequistas e leigos de todas as condições sociais – até mesmo crianças – foram mortos, em vários casos, depois de terem sofrido as mais variadas torturas. Dentre os vários mártires estava o Bem-aventurado Sebastião Kimura. Ele era descendente do primeiro convertido ao cristianismo que fora catequizado e batizado por São Francisco Xavier. Nascido em 1565 numa família convertida ao catolicismo, lhe foi dado o nome cristão de Sebastião por ocasião de seu batismo. Desde muito jovem começou a estudar com os padres jesuítas e, aos dezenove anos, entrou na Companhia de Jesus. Como seminarista, trabalhou como catequista e acabou por ser transferido para o Colégio de Macau, na China para terminar seus estudos na teologia. Em 1601, ele voltou para o Japão para ser, na cidade de Nagasaki, o primeiro presbítero japonês ordenado em sua pátria. Ao romper a segunda perseguição contra os cristãos, padre Kimura, usando de vários estratagemas – se fazia passar ora por agricultor, ora por mercador e outros disfarces -, conseguia visitar os lugares mais perigosos, até mesmo nas prisões, para levar o conforto aos cristãos perseguidos. Infelizmente, padre Kimura foi traído e denunciado, terminando por ser encarcerado pelas autoridades. No cárcere, junto com tantos outros cristãos, padre Kimura passou por imensas provações, até que chegou a ordem de execução. Ao todo, cinquenta e dois cristãos foram condenados à morte no dia 10 de setembro. A maioria foi decapitada, mas para 22 dois cristãos – e dentre estes, padre Kimura – houve destino pior: foram queimados vivos. Para que o suplício durasse mais tempo, a madeira foi colocada um pouco mais afastada dos condenados: as testemunhas dizem que o suplício durou por três horas e que padre Kimura foi o último a morrer, atado a uma cruz, como nosso Salvador.
Sua beatificação ocorreu no dia 07 de julho de 1867, sob o pontificado do papa Pio IX.