Aunacário nasceu em uma família de nobres Orléans: seu irmão era Austreno, bispo de Orléans e sua irmã Santa Austregilde, mãe de São Lobo, bispo de Sens.
Depois de crescer e passar alguns anos na corte da Borgonha, Aunacário foi visitar o túmulo de São Martinho de Tours e foi acolhido no clero. Colocou-se sob a disciplina de Siagrio, bispo de Autun. Mais tarde foi eleito bispo de Auxerre e consagrado em 31 de julho de 561.
Em seu episcopado, Aunacário esteve presente no IV Concílio de Paris, em 573, nos Concílios de Macon de 583 e 585.
O Papa Pelágio II escreveu-lhe duas cartas para anunciar o envio de relíquias com suas felicitações pessoais pela prosperidade da diocese de Auxerre.
Aunacário fez doações e fundações monásticas, como a de Cassy-les-Bois. Também preparou regulamentos para sua diocese, especialmente na vigília das festas e na recitação das ladainhas no primeiro dia de cada mês. Convocou um sínodo diocesano, onde organizou os artigos sobre disciplina eclesiástica. Conferiu o sacramento da ordem à Santo Austregisilo subdiácono, mais tarde bispo de Bourges; editou uma cópia do Martirológio Jeronimiano e pediu ao padre Estêvão, o Africano, que escrevesse a Vida em prosa de Santo Amador e a Vida em verso de São Germano, seus predecessores.
Aunacário provavelmente morreu em 605, em 25 de setembro, dia em que é comemorado pelo Martirológio Romano. Suas relíquias, escondidas em 1567 para não sofrerem a profanação da perseguição calvinista, foram posteriormente encontradas e reconhecidas como autênticas.