Ruperto descendia dos Robertini ou Rupertini, importante família que dominava com o título de conde na região do médio e alto Reno, atual Alemanha. Desta família nasceu também outro São Ruperto (ou Roberto), de Bingen, cuja vida foi escrita por Santa Hildegarda de Bingen.
Os Robertinis eram parentes dos carolíngios e o centro de sua atividade era Worms. Lá São Ruperto recebeu sua formação monástica irlandesa. Por volta do ano 700, como seus professores, sentiu-se impelido à pregação e ao testemunho monástico itinerante e, portanto, foi para a Baviera, obtendo bons resultados em Regensburg e Lorch. Apoiado pelo Conde Theodo da Baviera, no Lago Waller, 10 km a nordeste de Salzburgo, onde Seekirchen está agora, ele fundou em 696 uma abadia dedicada a São Pedro e outra para mulheres, em Nonnberg, confiada à direção da abadessa Erentrude, sobrinha de Ruperto. Estas abadias são atualmente as mais antigas de toda a Áustria e ao mesmo tempo o núcleo da nova cidade de Salzburgo.
Seu desenvolvimento também foi obra de doze colaboradores que Ruperto trouxe de sua terra natal: entre eles Cunialdo e Gislero, homenageados como santos.
Foi este punhado de pessoas corajosas que deu origem à nova Salzburgo, que justamente reconhece Ruperto como seu fundador: “Sua figura mostra como uma personalidade cheia de força e sensibilidade, afundando suas raízes nas profundezas do espírito cristão, é capaz de inteligentemente e sem limites geográficos prevenir qualquer deterioração interna e externa” (J. Henning).
São Ruperto morreu no domingo de Páscoa, ou seja, em 27 de março de 718.
Suas relíquias são mantidas na magnífica catedral de Salzburgo, construída no século XVII.