São poucas as evidências sobre a sua vida, mas, de acordo com a hagiografia escrita por Teofilacto de Ocrida, Clemente nasceu na região sudoeste do Império Búlgaro, conhecida na época como Cutmichevitsa.
Participou da famosa missão de Cirilo e Metódio, na Grande Morávia. Depois da morte de Cirilo, Clemente acompanhou Metódio em sua viagem de Roma à Panônia e à Grande Morávia. Depois da morte de Metódio, em 885, Clemente assumiu a frente do conflito contra o clero germânico na região, juntamente com Gorazd. Depois de algum tempo preso, foi expulso da Grande Morávia e, em 885 ou 886, alcançou a fronteira búlgara juntamente com Naum de Preslav, Angelário e, possivelmente, Gorazd (que, segundo algumas fontes, já estava morto na época). Depois disso, os quatro foram enviados para a capital, Plisca, onde foram contratados por Bóris I da Bulgária para instruir o futuro clero do estado na língua eslavônica.
Depois da adoção do cristianismo, em 865, as cerimônias religiosas na Bulgária passaram a ser conduzidas em grego pelo clero enviado pelo Império Bizantino. Temendo a crescente influência bizantina enfraquecendo seu novo estado, Bóris esperava que a adoção do antigo eslavônico como uma forma de preservar a independência política e a estabilidade da Bulgária. Com este objetivo, Bóris patrocinou a criação de duas academias literárias onde a teologia pudesse ser ensinada em eslavônico. A primeira delas foi fundada na capital, Plisca, e a segunda, na região de Cutmichevitsa.
Enquanto Naum de Preslav ficou na capital trabalhando na fundação da Escola Literária de Plisca (posteriormente, Preslav), Clemente foi encarregado por Bóris de organizar a criação da escola em Kutmichevitza. Por um período de sete anos (entre 886 e 893), Clemente ensinou por volta de 3.500 discípulos na língua eslavônica utilizando o alfabeto glagolítico. Foi um dos mais prolíficos e importantes escritores do antigo eslavônico eclesiástico. Acredita-se que ele seja o autor da “Hagiografia Panônia de São Cirilo e São Metódio”. Ele também traduziu a “Tríade da Flor”, contendo canções litúrgicas da Páscoa até Pentecostes e acredita-se que ele tenha sido também o autor do “Serviço Sagrado” e da “Vida de São Clemente de Roma”, além do mais antigo serviço dedicado a Cirilo e Metódio. A invenção do alfabeto cirílico é geralmente atribuída a ele também, embora ele tenha sido desenvolvido provavelmente na Escola Literária de Preslav no início do século X.
Em 893, foi consagrado arcebispo de Drembica (Velika).
Depois de sua morte, em 916, foi enterrado em seu mosteiro, São Pantaleão, em Ocrida.
A primeira universidade búlgara moderna, a Universidade de Sófia, foi batizada em homenagem a Clemente em 1888.
Em novembro de 2008, a Igreja Ortodoxa Macedônica doou parte das relíquias de Clemente para a Igreja Ortodoxa Búlgara como sinal de boa-fé.