Margarida nasceu em Palestrina, Itália, por volta de 1255. Era filha de Oddone Colonna e Mabilia Orsini, que tiveram outros dois outros filhos: Giovanni e Giacomo. Pertenceu, portanto, a duas poderosas famílias romanas, protagonistas, ao longo dos séculos, com fases alternadas de paz e ódio mútuo, da história da Cidade Eterna. Seu pai morreu quando ela tinha cerca de dois anos. Sua mãe morreu quando Margarida tinha, provavelmente, pouco mais de dez anos. Margarida foi confiada aos cuidados de seus irmãos mais velhos.
O mais velho, Giovanni Colonna, foi repetidamente um senador romano na Roma Medieval. A primeira biografia sobre Margarida foi escrita por ele, entre 1280 e 1285. O mais jovem, Giacomo Colonna, foi nomeado cardeal em 1278 pelo Papa Nicolau III, um primo de Orsini. O cardeal Colonna era amigo e confidente do Papa Honório IV e uma figura importante da cúria papal.
No final da adolescência de Margarida, falava-se de um casamento de prestígio, importante para alianças nobres, mas ela não foi forçada. De acordo com a biografia de seu irmão, Margarida sempre viveu em uma piedade peculiarmente doce. Ela se retirou para um recanto solitário perto de Palestrina, onde passou seu tempo em práticas de piedade e penitência. Dizia-se que sua caridade para com os pobres era ilimitada e acredita-se que ela tenha feito milagres.
As seguidoras de Margarida formaram uma comunidade de clarissas em torno dela, no Monti Prenestini, acima de Palestrina. A sua união com Cristo tornou-se cada vez mais intensa: foi visivelmente consolada por Jesus, Nossa Senhora e por São Francisco. Caiu várias vezes em êxtase e durante sete anos suportou pacientemente uma ferida ulcerosa do lado do corpo, carregada como um estigma da Paixão de Jesus Cristo. Com menos de trinta anos a sua morte foi preciosa aos olhos do Senhor. Faleceu devido a úlceras e febres violentas em 30 de dezembro de 1280.
Pouco depois de falecer, seu túmulo tornou-se destino de peregrinação e os devotos, por sua intercessão, obtiveram muitas graças. Com a autorização do Papa Honório IV, em 1285, a comunidade das Clarissas mudou-se para Roma no Mosteiro de São Silvestre in Capite, levando consigo o venerado corpo da Bem-aventurada (que aí permaneceu até 1871). Seus primeiros biógrafos foram seu irmão e a primeira abadessa de São Silvestre.
Margarida foi, após sua morte, considerada uma santa pelo povo no trecho de território de Subiaco a Palestrina e de Palestrina a Anagni. Era uma santa de família e sua santidade floresceu, em vida, nas colinas de Colonna.