A vida de Afraates é conhecida somente pelo relato de Teodoreto, que quando garoto foi levado para visitar o eremita, em Antioquia, e foi abençoado por ele.
Afraates nasceu no final do século III, provavelmente nas proximidades de Nínive-Mossul, no atual Iraque. Se seu nome parece trair uma origem pagã, não obstante, seu conhecimento das Escrituras e sua exegese foram altamente influenciados pelos métodos judaicos. Filho de uma igreja na fronteira entre o cristianismo e o judaísmo, viveu a separação e o conflito entre igreja e sinagoga com relativa serenidade, em tons polêmicos, mas calmos. Afraates era nativo do Império Sassânida, mas após firmar-se no cristianismo decidiu dirigir-se à Edessa. Ali, tornou-se eremita e viveu uma vida de penitência e contemplação do céu. Considerava-se “filho da Aliança”, isto é, um homem empenhado em permanecer celibatário para testemunhar a reunificação escatológica do homem inaugurada em si mesmo por Cristo, o primeiro solitário, a quem os filhos da Aliança se inspiraram. Provavelmente, viveu no mosteiro de Mar Mattai e, de acordo com alguns, também foi superior dos monges e depois bispo.
Alheio às polêmicas cristológicas de sua época, Afraates viveu como discípulo das Escrituras, segundo sua própria definição, e teve o cuidado de transmitir por escrito seus ensinamentos sobre a vida espiritual e sobre a relação entre o cristianismo e o judaísmo por meio das manifestações. Seu único trabalho chegou até nossos dias. Das páginas de Afraates, escritas segundo um estilo sapiencial, emergiu o gosto pela beleza e doçura espiritual que caracterizará o cristianismo siríaco.
Durante o reinado de Valente, que era ariano, houve grande perseguição àqueles que seguiam o Credo de Nicéia. Na década de 370, quando o imperador se instalou com seu exército em Antioquia, para guerrear contra os persas, o patriarca Melécio foi banido e os arianos promoveram severa perseguição contra os ortodoxos. Os arianos capturaram a igrejas locais e os ortodoxos foram obrigados a realizar seus cultos ao lado do rio Orontes ou no grande espaço aberto fora da cidade de Antioquia, onde eram realizados os exercícios militares. Devido a estes distúrbios causados pelas ações imperiais, Afraates dirigiu-se à Antioquia.
Deixou seu eremitério dirigindo-se apressadamente pela estrada que levava para o campo de treinamento militar. Foi, então, parado sob ordens de Valente, que estava em pé no pórtico de seu palácio. O imperador perguntou-lhe para onde ele estava indo e Afraates respondeu: “orar pelo mundo e o imperador”. O monarca questionou-o por que, sendo monge estava vagueando fora de sua cela. Ao que Afraates respondeu com uma parábola: “Se eu fosse uma donzela retirada da casa de meu pai, e a você a visse pegar fogo, você me aconselharia a sentar e deixá-la queimar? Não sou eu quem deve ser culpado, mas você que acendeu as chamas que estou lutando para extinguir. Não estamos fazendo nada contrário à nossa profissão quando nos colocamos juntos e nutrimos os que aderiram à verdadeira fé.” O imperador não retrucou, mas um de seus servos injuriou Afraates, que foi ameaçado de morte. Pouco depois, o mesmo indivíduo foi acidentalmente escaldado à morte, causando terror em Valente que recusou-se a ouvir os arianos que pressionaram-no a banir Afraates. Em Antioquia, Afraates ajudou Flaviano e Diodoro que haviam sido encarregados pelo governo dos católicos durante o exílio de Melécio. Por possuir grande reputação oriunda de sua santidade, suas ações e palavras tiveram peso. Eram impressionantes também seus milagres, que não apenas curaram homens e mulheres, mas também animais.
Sabe-se que faleceu por volta do ano de 378 e com certeza sua morte deu-se em Antioquia.
A Igreja Maronita recorda Afraates no dia 7 de abril, considerando-o como a primeira grande figura das Igrejas Siríacas cujos ensinamentos foram transmitidos como exemplo à posteridade.
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