Nascido na ilha da Irlanda em 1094, filho de uma família de nobres e piedosos genitores, foi educado na religião cristã e se dedicou a trilhar os caminhos da sabedoria, tendo vários mestres de grande cultura como tutores. Ainda muito jovem, entrou na vida eremítica, sob a direção espiritual de Imaro, um homem famoso por sua santidade e pela vida austera de penitência. Depois de algum tempo, suas virtudes começaram a ser conhecidas pelas pessoas e aqueles que, no início de sua vocação, o tinham considerado louco, começaram a ficar admirados com o exemplo de sua vida virtuosa. Ao saber da existência desse jovem, o bispo da região o procurou e, por divina inspiração, o quis ordenar imediatamente presbítero. São Malaquias, considerando-se indigno desse ministério, rejeitou com veemência. O bispo, no entanto, o convenceu solicitando-lhe a exercitar a virtude da obediência. Tornou-se pregador e, ao se dedicar com tanto zelo a esse ministério, acabou mudando o aspecto da própria diocese onde vivia, ao restauras as virtudes e os bons costumes genuinamente cristãos. Com a vacância da sede episcopal de Cannoret, Malaquias foi eleito bispo. Mais uma vez se considerou indigno e, novamente, em virtude da santa obediência, acabou por aceitar esse encargo. Sua fama cresceu tanto, que o arcebispo de Armagh havia manifestado o desejo de tê-lo por sucessor: tanto o clero quanto o povo ficaram contentíssimos diante dessa proposta, mas um parente do defunto arcebispo acabou por usurpar a sede; Malaquias, nesse momento, começa a ser perseguido e caluniado. Após muitos sofrimentos, a estima que a igreja nutria por esse seu filho não diminuiu, pois suas virtudes foram comprovadas. De fato, numa viagem que o santo teve de fazer a Roma, foi nomeado Legado Apostólico para a Irlanda. Viajando em outra ocasião, foi até o convento de Claraval, onde conheceu São Bernardo. Apesar da boa acolhida no convento, São Malaquias foi tomado por uma febre e assistido pelo desvelo dos monges e do abade Bernardo mas, apesar de todos os cuidados, Malaquias entregou sua alma a Deus no dia 2 de novembro de 1149. São Bernardo, que tanto o havia prezado, escreveu-lhe um elogio fúnebre e a vida.
Curiosidade: São Malaquias tornou-se famoso também pela atribuição que lhe fora feita de ser o autor de um escrito “profético”. Ao que tudo indica, essa história seria falsa – assim pensa a maioria dos estudiosos – e alguém teria se utilizado da “fama” de São Malaquias para chamar a atenção para esse escrito. Nele estaria descrita a “Profecia de São Malaquias”, isto é, uma longa lista de “lemas” que identificariam os vários papas que se sucederam ao longo da história.