Embora Padre Pio tenha sido claramente um santo durante sua vida na terra, isso não significa que ele não tenha lutado contra suas próprias fraquezas.
Em particular, era difícil para o Padre Pio ficar calmo e recolhido no confessionário.
No livro Padre Pio: The True Story ("Padre Pio: A Verdadeira História"), o autor explica que o santo frade, muitas vezes, perdia a paciência, mas se arrependia:
Uma razão para o Padre Pio ficar com raiva no confessionário era encontrar um penitente que não estava verdadeiramente arrependido de seus pecados:
Ele também negava a absolvição a muitos desses penitentes, pedindo-lhes que voltassem quando estivessem prontos.
A maioria desses penitentes retornava ao confessionário, reconhecendo o peso de seus pecados e professando o verdadeiro arrependimento.
Enfim, o fato é que os santos tinham suas próprias lutas e fraquezas e, para Padre Pio, uma dessas lutas eram seus 'ataques de temperamento' no confessionário.