Entre outras iniciativas, puniu o fundador dos Legionários de Cristo, Padre Marcial Maciel, acusado de abusos sexuais de crianças e de levar vida dupla
Através de Joseph Ratzinger foram implementados esforços sem precedentes para combater o flagelo dos abusos sexuais de menores por parte de sacerdotes. Já como cardeal, Ratzinger tinha exigido maior atenção e rigor perante esse grave problema, inclusive pedindo uma revisão das normas canônicas para que se pudesse expulsar os sacerdotes.
Mesmo nadando contra a corrente, ele havia tomado uma posição clara contra os pedófilos. Monsenhor Charles Scicluna, por uma década promotor de Justiça da Congregação para a Doutrina da Fé, por exemplo, lembra que, em 2004, quando o fundador da Congregação dos Legionários de Cristo, Padre Marcial Maciel, celebrou na Basílica de São Paulo Fora dos Muros os 60 anos de sacerdócio, toda Cúria Romana estava presente, bispos e cardeais incluídos, e o único que ficou em casa foi Ratzinger, então prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé. Em seguida Ratzinger reabriria o processo canônico contra o fundador dos Legionários de Cristo, acusado de abusos sexuais de menores e de ter vida dupla. Só como Papa, em 2006, Ratzinger conseguiria punir o Padre Marcial Maciel com a renúncia a todo ministério público.
Em 2005, poucos dias antes de ser eleito papa, Joseph Ratzinger, nas meditações para a Via Sacra da Sexta-feira Santa, escreveu: "quanta sujeira há na Igreja, e precisamente entre aqueles que, no sacerdócio, deveriam pertencer completamente” a Cristo, isso num momento em que os escândalos de abusos sexuais de crianças já tinham estourado.
Como papa, ele lidou com a questão com firmeza, confessando (visita apostólica aos Estados Unidos, 2008), que tinha “dificuldade de compreender como foi possível que alguns sacerdotes tenham podido falhar deste modo na missão de levar alívio, de levar o amor de Deus a estas crianças”, e declarando que os pedófilos seria excluídos rigorosamente sacerdócio, porque “quem é realmente culpado de ser pedófilo não pode ser sacerdote”.
Bento XVI foi o primeiro papa a se encontrar com vítimas de abusos sexuais cometidos por sacerdotes. Esses encontros começaram no dia 17 de abril de 2008 nos Estados Unidos, continuando na Austrália, no mesmo ano, durante a Jornada Mundial da Juventude, em Malta e no Reino Unido, em 2010, e na Alemanha, em 2011. Do mesmo modo, ordenou visitas apostólicas a institutos e congregações afetadas por episódios de pedofilia, como a congregação dos Legionários de Cristo e a Igreja na Irlanda, onde houve vários casos, e bispos cometeram erros graves ao lidar com eles.
O compromisso de Bento XVI contra a pedofilia na Igreja tornou-se ainda mais claro, em 2010, com a publicação de uma nova versão das normas sobre os crimes mais graves ("delicta graviora"), atualizando o texto original de 2001 em relação aos crimes de abuso sexual. Nas novas normas, instituiu procedimentos rápidos de punição. Aumentou o prazo de prescrição de 10 para 20 anos, período prorrogável quando necessário, equiparou os menores a pessoas de uso limitado da razão e criminalizou a pornografia infantil.
Durante o seu pontificado, Bento XVI também expulsou padres acusados de pedofilia ou aceitou renúncias de clérigos manchados por esse crime. Até a sua renúncia, Bento XVI nunca deixou de lutar contra os crimes de abusos sexuais de crianças. É um compromisso que o Papa Francisco continua.
