Filho de Vladislau e Anna Novakovski Leão nasceu no dia 28 de junho de 1913, em Bytoń, na região de Kujawy, Polônia.
Depois de terminar ou ensino médio, matriculou-se na Faculdade de Matemática e Ciências Naturais da Universidade de Varsóvia, mas não foi aceito.
Em 1932, entrou no Seminário Teológico Włocławek. Durante seus estudos, foi presidente da Confraria da Ordem Terceira de São Francisco. Depois de sua ordenação, em 20 de junho de 1937, pelo bispo Karol Radoński, foi enviado para prosseguir os estudos na Universidade Católica de Lublin e, depois, na Pontifícia Universidade Gregoriana de Roma.
Após se formar em Teologia, em julho de 1939, voltou à Polônia, para Kujawy, sua paróquia natal. Estava na Polônia quando estourou a Segunda Guerra Mundial. A repressão contra a intelectualidade polonesa, incluindo o clero, logo começou.
No início de outubro de 1939, quando os alemães prenderam o padre da paróquia de Byton, suas funções foram assumidas por Leão Novakovski. Mais tarde naquele mesmo mês, ele próprio foi apreendido pela Gestapo quando estava a caminho da missa do rosário. Depois de ter sido transferido para Piotrków Kujawski, foi mantido junto com outros padres na casa paroquial local.
Na noite entre 31 de outubro e 1º de novembro, os alemães reuniram os padres presos, entre eles o Pe. Novakovski, e atiraram neles em um parque próximo na propriedade Tabaczyński. Os corpos dos assassinados foram retirados da cidade e enterrados em uma vala comum.
Após a guerra, em abril de 1945, a cidade foi retemoando sua vida e foi possível organizar um funeral solene, em que os restos mortais dos padres foram depositados no cemitério paroquial de Piotrków Kujawski.
Em 1999, em sua visita à Polônia, o Papa João Paulo II beatificou o Pe. Leão Novakovski no grupo dos 108 mártires da Segunda Guerra Mundial.