Felipe nasceu em Florença, Itália, no dia 21 de julho de 1515, filho do casal Francesco e Lucrécia Neri, que faleceu quando Filipe ainda era criança. Ele passou toda sua infância e adolescência em Florença. Devido a dificuldades financeiras, foi trabalhar com um tio na localidade de São Germano, perto do mosteiro beneditino de Montecassino.
Embora Felipe pudesse ter assegurado sua vida com a vantajosa herança oferecida por seu tio que queria estabelecê-lo como herdeiro de todos os seus bens, caso Felipe quisesse tomar a gerência dos negócios. Contudo ele se sentia pouco inclinado a ser negociante. Era mais atraído pelo recolhimento e o espírito de oração. Tomou a resolução de viver como eremita no coração de uma grande cidade. Foi para Roma e como simples leigo estudou Filosofia e Teologia, sem ter intenção de ser padre. Com grande desejo de dedicar-se à vida contemplativa, vendeu a biblioteca, deu seus bens aos pobres e aprofundou o espírito na meditação da paixão e morte de Cristo. Gostava de visitar as catacumbas e venerar os mártires lá sepultados.
Aconselhado pelo seu confessor, Felipe aceitou ser ordenado presbítero, aos 36 anos de idade. Nessa época, nasceu nele o desejo de ir, como missionário, para a Índia, mas seu confessor o aconselhou, dizendo que sua “Índia” era Roma. Deixando-se guiar pela Providência Divina retirou-se então para junto de uma igreja, no Campo di Fiore, onde funcionava uma fraternidade caritativa que reunia pessoas para a prática de piedade: missa cotidiana com comunhão, oração das ladainhas e peregrinações às igrejas. Por quanto singelas fossem essas atividades, começaram a levantar suspeitas contra o grupo, sobretudo por incentivar a missa e a comunhão diárias, o que era contra os costumes da época. Apesar das incompreensões iniciais, foi desse grupo que teve origem a Congregação do Oratório, obra principal do apóstolo da capital do cristianismo. Os Oratorianos foram se formando de maneira espontânea, não planejada, como extensão da personalidade atraente de Felipe. Ele reunia um grupo de amigos para rezar, fazer leitura espiritual, promovendo palestras sobre assuntos religiosos, entremeados por cânticos de música popular. Os sacerdotes, alguns de renome e de alta projeção em Roma, deram aos oratorianos uma certa organização.
O apostolado de Felipe, por sua originalidade e excentricidade, atraiu admiradores e contestadores. O Papa Paulo IV, rígido reformador, moveu a Inquisição pontifícia contra Felipe, acusando-o de fomentar uma piedade extravagante. Contudo, Felipe ganhou a causa e o apoio do Papa. Também São Pio V, outro severo reformador, levantou suspeitas sobre as reuniões promovidas pelo sacerdote no Oratório, mandando inicialmente vigiar suas pregações e proibindo tais reuniões, mas ao perceber a idoneidade da obra de Felipe, deixou fazer suas ações em paz.
O Papa Gregório XII apoiou o seu apostolado e aprovou a Congregação dos Oratorianos. Por fim, o Papa Clemente VIII quis promover Felipe ao cardinalato, mas esbarrou em sua total recusa.
Pouco depois, após incansável apostolado em benefício do aumento do fervor na vida católica de Roma, faleceu no dia 26 de maio de 1595, com quase 80 anos.
São Felipe Neri foi beatificado pelo Papa Paulo V, em 11 de maio de 1614, e canonizado pelo Papa Gregório XV, em 11 de março de 1622.